Vasco da Gama được phái đến Ấn Độ lần thứ ba vào năm 1524 để giải quyết những khó khăn của người Bồ Đào Nha ở đây. Ban đầu da Gama được chỉ định để thay thế Eduardo de Menezes trong vai trò người đại diện của thuộc địa Bồ Đào Nha trên đất Ấn Độ, nhưng ông đã mắc bệnh sốt rét không lâu sau khi đến Goa và chết ở Cochin vào đêm Giáng sinh năm 1524.

Đầu tiên, da Gama được chôn ở nhà thờ St. Francis thuộc Kochi, sau đó hài cốt của ông được chuyển về Bồ Đào Nha và cải táng trong một ngôi mộ lớn ở Vidigueira.